言峰绮礼：人称麻婆神父，没有感情，只有看到别人的不幸和痛苦才会感到愉悦。圣杯战争之后转到床主市担任机关的二把手。
木原幻生：科学侧的恶党，与机关是合作关系。
罗伊格尔与札尔:罗伊格尔与札尔(Lloigor&Zhar)，卑猥之双子。一对双子旧支配者，孪生兄弟。他们的称号为「猥亵之双子」，两者形态也十分类似，都是生着无数触手的巨大肉块，唯一的区别是洛依高尔生有一对翅膀，而扎尔没有。另外，他们之间有某种物质上的联系——有人认为是一对延长的触手，将洛伊高尔的扎尔连为一体。本文中的幕后黑手，时钟塔的暗中统治者，也是凉宫春日变成凡人的罪魁祸首。
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达奇：黑礁商会首领，前海军陆战队队员，战斗力超强，主要业务为军火，偶尔也会卖毒品或者贩卖人口。
本尼：绰号「贝尼男孩」（BennyBoy），黑礁商会的机械师、电脑专家、司机。
坂东：鹫峰组代理组长，暗中拐卖少女拍摄色情录像牟利，绑架了佐天泪子和初春饰利，被毒岛冴子发现线索，最后鹫峰组被高坂京介、毒岛冴子、御坂美琴三人联手剿灭。
查卡：鹫峰组的小黄毛，鹫峰组被剿灭时逃走。
汉赛尔与葛丽特：罗马尼亚籍的双胞胎杀手，以「糖果屋」童话里的兄妹命名，外表看似两名天真无邪的兄妹（姊弟），但是骨子里是凶残冷血的杀人魔，他们相信吸血鬼的传说，认为杀人可以为自己带来不朽，由于两人以「哥哥」、「姊姊」相称，而且常常交换身份，因此难以分辨。
高坂大介：主人公的父亲，身为刑警，却长着一张流氓脸。
须乡伸之：SOS团旁边电研社的社长，父亲是某电脑公司的老总，富二代，其父后来代理了时钟塔制造的完全潜行游戏刀剑神域，坑了京介的邻居桐谷和人和大萝莉结城明日奈。
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